大豆肽的加工主要是以大豆或者豆粕为原料，利用化学方法或酶法将大豆蛋白质水解而成。

目前较为典型的制备大豆多肽的方法是采用低变性脱脂大豆粕作为生产原料。

首先将豆粕经弱碱浸泡、磨浆分离、酸沉、中和调浆一系列工序得到浓度约10%的分离大豆蛋白溶液；接着在pH为8.0，温度为70℃条件下加热10分钟，主要目的是提高酶解速率；然后在温度为45℃、酶用量为E/S=2%，pH=8.0条件下水解4小时，加酸调pH至4.3使未水解的大豆蛋白酸沉而除去，并加热升温至70℃，维持15分钟钝化蛋白酶，因此得到水解率为70℃的大豆蛋白水解物溶液；然后用固液比为1∶10的活性炭粉在50℃搅拌30分钟，冷却过滤，可达到明显的脱色、脱苦效果；脱色脱苦后使大豆多肽溶液缓缓流经阴阳离子交换树脂除去酸沉、中和调浆及水解过程中所加入酸碱生成的盐；最后在89.325千帕的真空度下浓缩30分钟，即得到成品大豆多肽浓缩液，为澄清的浅黄色溶液，无豆腥和其他任何异味，可直接作为流食食用，亦可与果汁、糖、酸按一定比例制成酸甜适口的蛋白类饮料或喷雾干燥制成粉末。